רוב הרכיבים הסלולריים הם חסרי צבע ולא ניתן להבחין בבירור במיקרוסקופ. הנחת היסוד של מיקרוסקופ פלואורסצנטי היא צביעה של רכיבים בצבעים.
צבעים פלורסנטיים, הידועים גם כפלואורופורים או צבעי פלורסנט, הם מולקולות הקולטות אור עירור באורך גל נתון (בדרך כלל UV) ופולטות אור באורך גל ארוך יותר לאחר עיכוב קצר. העיכוב בין ספיגה לפליטה הוא זניח, בדרך כלל בסדר גודל של ננו-שניות.
לאחר מכן ניתן לסנן את האור הנפלט מאור העירור כדי לחשוף את מיקומו של הפלואורופור.
מיקרוסקופ פלואורסצנטי משתמש באור חזק יותר כדי להאיר את המדגם. אור זה מעורר חומר ניאון בדגימה, אשר לאחר מכן פולט אור באורך גל ארוך יותר.
התמונה המתקבלת מבוססת על אורך הגל של מקור אור שני או חומר ניאון אחר מאשר האור ששימש במקור להארה ולרגש של הדגימה.
מעבד
אור באורך גל העירור ממוקד על המדגם דרך עדשת האובייקטיב. הקרינה הנפלטת מהדגימה מתמקדת בגלאי דרך עדשת האובייקטיב. מכיוון שרוב אור העירור מועבר דרך המדגם, רק אור העירור המוחזר מגיע אל המטרה יחד עם האור הנפלט.
טופס
"מיקרוסקופ פלואורסצנטי" מתייחס לכל מיקרוסקופ המשתמש בקרינה כדי ליצור תמונות, בין אם זה מכשיר פשוט יותר כמו מיקרוסקופ אפי פלואורסצנטי, או עיצוב מורכב יותר כמו מיקרוסקופ קונפוקאלי, המשתמש בחתך אופטי כדי להשיג רזולוציה טובה יותר. תמונת פלואורסצנטי.
רוב מיקרוסקופי הקרינה המשמשים הם מיקרוסקופים אפיפלואורסצנטיים, שבהם עירור של פלואורופורים וזיהוי של פלואורסצנטי מתבצעים דרך אותו נתיב אופטי (כלומר, דרך עדשת האובייקטיב).
