יש להכניס תחילה את כל הפסולת הביו-רפואית לביצוע חיטוי בשקית חיטוי מאושרת ומסומנת. חדים כגון מחטים ואזמלים חייבים להיות מוכנסים למיכל מאושר, מסומן, עם קצוות חדים לפני עיקור. אין להניח פיפטות חדות או זכוכית שבורה בשקית. יש להכניס את הפסולת הזו לקופסאות או דליים ולעשות חיטוי, או לעקר באמצעות חומר סטרילינט נוזלי כגון 10% נתרן היפוכלוריט. פסולת ביו-רפואית שעוקרת בחיטוי חייבת להיות בעלת אינדיקטור המוכיח שהפסולת עברה חיטוי לפני שניתן יהיה להיפטר ממנה. שקיות חיטוי רבות מגיעות עם מחוון שקורא "AUTOCLAVED" כאשר מחזור העיקור מסתיים. יש להדביק אינדיקטורים על קופסאות וחביות לפני שיחולקו בחיטוי והכנסתם לפח. פסולת שעלולה להיות מדבקת חייבת להיות מסומנת "מפגע ביולוגי" ולהדביק על המיכל תווית מפגע ביולוגי. בעת סטריליזציה של חומרים לא מסוכנים כגון חומרי מחקר חיוניים לבעלי חיים, אמצעי תרבית וציוד מעבדה בסביבה סטרילית, מספיקים מיכלים פשוטים לא מסומנים.
לפני שמתחילים, יש להניח בשקית החיטוי כ-50 מ"ל - 100 מ"ל מים כדי להקל על יצירת אדים בשקית. אם מים אלו נמצאים באופן טבעי במטען, אין צורך להוסיף מים נוספים. שקיות חיטוי צריך להיות עטוף היטב כדי למנוע שפיכה אם הן מתרחשות. עם זאת, אם הסרט עטוף חזק מדי, לחץ אדים עלול להצטבר בתוך השקית, ולגרום לה להיקרע. אל תכפיל את שקיות האשפה שלך. שקיות אוטוקלאב נועדו להיות חדירות לאדים, אך שקית כפולה תמנע את זרימת הקיטור דרך השקית. אל תמלא יתר על המידה את השקית או החיטוי מכיוון שזרימת קיטור לקויה עלולה להפריע לתהליך העיקור. עדיף לא להכניס את השקית ישירות לתוך החיטוי. יש להניח אותם על מגשי נירוסטה או פוליפרופילן.
בעת עיבוד נוזלים בחיטוי, אין למלא את המיכל יותר מ-75%. זה יבטיח שלנוזל יש מקום להתרחב כשהוא מתחמם. כי השימוש בקיטור כדילְעַקֵרנוזלים יכולים להיות בעייתיים, עדיף להשתמש בחומרים כימיים כדי לעקר פסולת נוזלית במידת האפשר. אם חוקרים בוחרים להשתמש בקיטור כדי לעקר נוזלים, המיכל המכיל את הנוזל חייב להיות מסוגל לעמוד בתנאי חיטוי. ניתן להשתמש במיכלי זכוכית בורוסיליקט או פוליפרופילן. הקפד לשחרר את המכסה על המיכל כדי לצבור לחץ במהלך התהליך. במהלך חיטוי, תמיד הנח כלי זכוכית רופפים ומיכלי נוזלים לתוך מיכלים משניים. ללבוש כפפות עבות ועמידות בחום, משקפי בטיחות וסינר גומי בעת הוצאת נוזל מהחיטוי. עבור עומסי נוזלים, יש לכוון את מחזור האוורור של החיטוי באיטיות רבה. זה נותן לנוזל זמן להתקרר מתחת ל-100 מעלות, כך שהוא לא רותח כשהלחץ יורד. לאחר השלמת הריצה, פתחו באיטיות את הדלת וסגרו עד שהקיטור יתנקה.
